Історія закладу
1867 – За рішенням Богодухівського повітового земського зібрання, на кошти земства, була відкрита жіноча прогімназія – 4-х класна
1895 – Відкрито 5-й клас. Поступово прогімназія перетворилась на 8-класну жіночу гімназію
1920 – Гімназія реорганізована в єдину загальноосвітню трудову семирічну школу
1934 – Школа стає середньою № 3 з десятирічним терміном навчання
1937 – Відбувся перший випуск 10-го класу середньої школи
1941-1943 – У роки німецької окупації школа не працює
1945 – Відбувся перший повоєнний випуск 10-го класу
1962 – Школа стає середньою загальноосвітньою трудовою політехнічною школою з виробничим навчанням. Вводиться 11-річний термін навчання.
1967 – Школа знову повертається до 10-річного терміну навчання і має назву – середня загальноосвітня школа № 3
1983 – Поєднання середньої школи № 3 та восьмирічної школи № 6. Школа працює в двомовному режимі
1988 – Школа переходить в нове приміщення, введено кабінетну систему навчання
1989 – Поряд з загальноосвітніми предметами школа розпочала професійну підготовку водіїв категорії «С», обладнаний комп’ютерний клас «Корвет»
1992 – Укладено договір з Харківським Державним педагогічним університетом ім. Г.С.Сковороди про створення на базі школи педагогічних класів, для учнів, які бажають освоїти педагогічну професію
1993 – Школа має назву – загальноосвітньої І-ІІІ ступенів № 3. У школі затверджено Статут, Прапор, Гімн, школа стає юридичною особою, бухгалтерський облік веде самостійно. Введено посаду психолога, соціального педагога та логопеда
1997 – Укладено договір з Богодухівським РВ УМВС України в Харківській області про створення клубу «Юний правоохоронець» з метою профорієнтації учнів на правоохоронні професії
2000 – У школі введена 12-бальна система оцінювання досягнень учнів
2002 – Школа оснащена сучасним комп’ютерним класом
2003 – Школа реорганізована в Богодухівський ліцей № 3
2004 – Навчальний заклад отримує статус – ліцей № 3 м. Богодухова при Харківському національному університеті ім. Каразіна
2005 – Укладено договір про організацію підготовчих курсів на базі ліцею Харківського інституту економіки ринкових відносин та менеджменту
2008 – Ліцей – переможець Всеукраїнського конкурсу проектів «Школа сприяння здоров’я»
2013 – Навчальний заклад стає учасником регіональної дослідно-експериментальної роботи з ноосферної освіти
2014 – Ліцей визнано одним із найкращих серед навчальних закладів Харківської області по роботі з обдарованими дітьми
2015 – Встановлення меморіальної дошки Троньку Петру Тимофійовичу – Герою України, почесному громадянину міста Богодухова, державному і громадському діячу, видатному вченому-історику
2021- навчальний заклад реорганізований у Комунальний заклад «Богодухівський ліцей № 3» Богодухівської міської ради Богодухівського району Харківської області